Filmy Zanussiego są głęboko zakorzenione w filozofii chrześcijańskiej, ukonkretniającej się na ekranie na różne sposoby. Niekiedy jest to subtelne, zawoalowane odczucie obecności Boga i kosmicznego porządku rzeczy, innym razem bezpośrednie odniesienie do wartości chrześcijańskich w filmach, które autor nazywa wyznaniowymi.

Reżysera od dawna pociągały zagadnienia mające związek z religijną wizją świata; czerpał stamtąd inspiracje nie tylko do roztrząsania dylematów natury etycznej. Wiara była też z jednej strony źródłem niepokoju przez swoją irracjonalność, nieustanny konflikt z rozumem, z drugiej - otwarciem na niewyrażalne. To przeczucie transcendencji Zanussi próbował - z dobrym skutkiem - przekładać na obraz. Jest ono obecne już w dyplomowej Śmierci prowincjała (1966), w której samym tylko obrazem, rezygnując ze słów, autor potrafił uchwycić nieodparte poczucie jakiegoś wyższego, niepojętego porządku świata. Podobnie jest ze Strukturą kryształu. Surowy sposób ukazania świata przedstawionego, długie ujęcia zimowych krajobrazów, statyczne, pełne milczenia sceny, celebracja prostych, codziennych czynności, wszystko to sprzyja subtelnej emanacji transcendencji.

Postaci z jego filmów, w coraz bardziej gorączkowych poszukiwaniach sensu, docierają także do sfery sacrum. Franciszek, bohater Iluminacji (1973), rozczarowany nauką, odwiedza klasztor. Witek z Constansu (1980) po śmierci matki wyjeżdża w Himalaje; w krótkiej migawce widzimy go tam jako uczestnika hinduistycznego obrzędu pożegnania ze zmarłym. Jednak religijność dawnych filmów reżysera - tych z lat 60. i 70. - nie polega przecież na obecności postaci duchownych, kościołów, obrzędów sakralnych czy też zdeklarowanych wyznawców. Ich religijny wymiar jest ulotny, nieoczywisty; rodzi się podczas odbioru, można go dostrzec albo nie. Wykracza poza fabularną warstwę dzieł. Tkwi gdzieś między słowami, w obrazach składających się na wizję świata, w którym jest pewien brak, pęknięcie, tęsknota. Wypływa z obrazu rzeczywistości, ujawniającej jakiś głębszy, nieoczekiwany sens. Odkrycie owego transcendentnego wymiaru obrazu zależy w dużej mierze od widza, jego otwartości i zaangażowania. Mamy tu do czynienia nie tyle z gotową "prawdą objawioną" ile - objawiającą się "tu i teraz", w trakcie obcowania z dziełem.

Na pewnym etapie twórczości mistyczny wymiar religijności wynikający z samej istoty kina, z Barthesowskiego trzeciego sensu obrazu, przestał Zanussiemu wystarczać; odtąd jest dopełniany o wymiar dyskursywny. Powstają filmy wyznaniowe - Z dalekiego kraju (1981) o Janie Pawle II, Życie za życie (1990), którego bohaterem jest święty Maksymilian Kolbe czy Brat naszego Boga (1997), rzecz o świętym bracie Albercie. Motywacja do realizacji biografii ludzi związanych z Kościołem wykracza zapewne poza obowiązkowość - wątki podejmowane w tych filmach (szukanie Boga, wiara i rozum, świętość i szaleństwo) najwyraźniej fascynują reżysera, są obecne także w jego autorskich dziełach.